Anholt er beliggende midt i Kattegat mellem Djursland og Halland. Anholt, som er godt 22 km2, har et særpræget landskab.
 
Morænelandet mod vest og ørkenen mod øst, som begge er dannet af havet og vinden. Morænelandet har stejle klintafgrænsninger mod kysterne. De højeste punkter er Sønderbjerg på 48 m og Nordbjerg på 39 m.
 
Ørkenen, som dækker ca. 75 % af øen, er opstået ved at stenalder- havet har hævet sig. Vinden har dannet store klitter. Anlæg af havnen har skabt forudsætninger for landtilvækst. Resultatet ses i det nuværende Flakket, det er lavt forland med ferskvandssøer, som har et afvekslende fugleliv.
 
Det meste af øen er fredet, men der er adgang til dele af området via anlagte stier. Ved Flakket er der kun adgang til strandbredden. Ved Totten er der lukket for almindelig adgang. Begrænsningerne skyldes hensyn til sæler og fugle, som især i yngleperioderne har behov for ro. På de øvrige fredede arealer kan man frit færdes til fods og på cykel, ligesom man har adgang til ophold og badning. I skoven må man dog kun færdes på de anlagte veje og stier.